该书上卷论理，有“当明经络、须识扶阳、大病宜灸、禁戒寒凉、要知缓急”等十三篇，强调寒凉之害及治病用灸之要。中下卷则论述伤寒、内、外、妇、儿等各科共123个病证的病因、病机及治则、治法，部分病证后还附有验案。书中还载有神方一卷，包含94个方剂，详细记述了方剂的主治、组成与煎服法。
窦材的医术精湛，被誉为“艾灸大师”。他深受道家思想影响，主张扶阳以灸法第一，丹药第二，附子第三。在《扁鹊心书》中，他首次披露了自己发明的麻醉药“睡圣散”配方，此书也成为了我国最早的麻醉学著作。此外，该书还提出了“以医心为本”的理念，强调在治病过程中重视患者的心理作用，对调理饮食、锻炼身体、保持身心平衡等方面也进行了探讨。
总之，《扁鹊心书》不仅展示了窦材的医学思想，也记录了他在临床实践中的宝贵经验，对后世医学研究产生了深远影响。
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